I. Thời kỳ 1949 – 1954 (Quân y xá Trần Quốc Toản):
* Quân y xá trưởng:
– Đồng chí Phó Đức Thực.
– Đồng chí Nguyễn Hữu Lộc.
II. Thời kỳ 1949 – 1954 (Quân y xá Phó Đức Thực):
* Quân y xá trưởng:
– Đồng chí nguyễn Mạnh Tiên.
– Đồng chí Vũ Kim Vinh.
– Đồng chí Trịnh Văn Khiêm.
– Đồng chí Nguyễn Công Thắng.
* Bí thư chi bộ, chính trị viên:
– Đồng chí Nguyễn Tinh Cầu.
III. Thời kỳ 1954 – 1958 (Quân y xá 354):
* Quân y xá trưởng:
– Đồng chí Trần Văn Hiến.
– Đồng chí Phạm Cự.
– Đồng chí Vũ Thuận.
– Đồng chí Nguyễn Đăng Tường.
* Chính trị viên:
– Đồng chí Lê Cơ.
– Đồng chí Triệu Quang Vi.
– Đồng chí Lê Văn Sắc.
IV. Thời kỳ 1958 – 1964 (Quân y xá phát triển theo hướng bệnh viện loại B khu vực – thường gọi là quân y xá đặc biệt):
* Trưởng phòng quân y Bộ Quốc phòng – kiêm Viện trưởng:
– Đồng chí Trịnh Văn Khiêm.
– Đồng chí Trần Văn Hiến.
* Phó phòng quân y Bộ Quốc phòng – kiêm Viện phó:
– Đồng chí Đặng Quốc Tuyên.
* Chính trị viên:
– Đồng chí Hà Huy Đức.
– Đồng chí Nguyễn Văn Đát.
– Đồng chí Hoàng Chấn Hùng.
– Đồng chí Bùi Đình Yêm.
V. Thời kỳ 1964 –1974 (Tổ chức quân y xá đã hình thành bệnh viện loại B khu vực):
* Trưởng phòng quân y Bộ Quốc phòng – kiêm Viện trưởng:
– Đồng chí Trần Văn Hiến.
* Phó phòng quân y Bộ Quốc phòng – kiêm Viện phó y vụ:
– Đồng chí Đặng Quốc Tuyên.
* Chính uỷ:
– Đồng chí Đặng Sung.
* Phó Chính uỷ:
– Đồng chí Hồ Thị Nguyệt.
VI. Thời kỳ 1974 – 1990 (Bệnh viện Quân y 354 là bệnh viện loại B khu vực Hà Nội):
* Viện trưởng:
– Đồng chí Trần Văn Hiến.
– Đồng chí Đặng Quốc Tuyên.
– Đồng chí Đặng Phì.
– Đồng chí Lê Duy Thức.
* Chính uỷ:
– Đồng chí Đặng Sung.
– Đồng chí Nguyễn Đức Kính.
* Phó Chính uỷ:
– Đồng chí Hồ Thị Nguyệt.
– Đồng chí Nguyễn Văn Yên.
* Viện phó chính trị – Bí thư đảng uỷ:
– Đồng chí Nguyễn Văn Yên.
– Đồng chí Hoàng Chấn Hùng.
– Đồng chí Đặng Văn Trượng.
* Viện phó chuyên môn:
– Đồng chí Đặng Quốc Tuyên.
– Đồng chí Lê Thị Bích Hoàn.
– Đồng chí Đặng Phì.
– Đồng chí Phí Văn Ngạc.
– Đồng chí Lê Duy Thức.
* Viện phó dược và trang bị:
– Đồng chí Nguyễn Trọng Châu.
* Viện phó hậu cần:
– Đồng chí Nguyễn Văn Định.
– Đồng chí Hoàng Minh Chuyên.
– Đồng chí Đỗ Trọng Hải.
VII. Thời kỳ 1990-1994:
* Viện trưởng:
– Đồng chí Lê Duy Thức.
– Đồng chí Nhạc Lai.
* Viện phó chính trị – Bí thư Đảng uỷ:
– Đồng chí Đặng Văn Trượng.
– Đồng chí Trần Xuân Bằng.
– Đồng chí Lê Dương Hùng.
* Viện phó chuyên môn:
– Đồng chí Nhạc Lai.
– Đồng chí Đoàn Long.
– Đồng chí Trần Xuân Đào.
– Đồng chí Nguyễn Văn Ngọc.
– Đồng chí Hà Tiến Phan.
– Đồng chí Nguyễn Thông Tuyết.
IIX. Thời kỳ 1995-1999 (Hoàn thiện và phát triển bệnh viện 354 loại B khu vực Hà Nội):
* Giám đốc bệnh viện:
– Đồng chí Nhạc Lai.
* Phó Giám đốc chính trị- Bí thư đảng uỷ:
– Đồng chí Lê Dương Hùng.
* Phó Giám đốc y vụ:
– Đồng chí Trần Xuân Đào.
* Phó Giám đốc chuyên môn:
– Đồng chí Nguyễn Văn Ngọc.
– Đồng chí Nguyễn Thông Tuyết.
IX. Thời kỳ 2000-2004:
* Giám đốc bệnh viện:
– Đồng chí Nhạc Lai.
* Phó Giám đốc chính trị-Bí thư đảng uỷ
– Đồng chí Lê Dương Hùng.
* Phó Giám đốc y vụ:
– Đồng chí Trần Xuân Đào.
– Đồng chí Cao Bình.
* Phó Giám đốc chuyên môn:
– Đồng chí Bùi Thị Ngọc Ánh.
– Đồng chí Nguyễn Văn Ba.
X. Thời kỳ 2005-nay:
* Giám đốc bệnh viện:
– Đồng chí Nhạc Lai.
– Đồng chí Vũ Quốc Bình.
– Đồng chí Chu Xuân Anh.
– Đồng chí Phạm Minh Đức.
– Đồng chí Hà Duy Dương.
* Chính uỷ bệnh viện – Bí thư đảng uỷ:
– Đồng chí Phùng Mạnh Tưởng.
– Đồng chí Nguyễn Thuý Lan.
– Đồng chí Nguyễn Ngọc Du.
* Phó Giám đốc KHTH:
– Đồng chí Cao Bình.
– Đồng chí Nguyễn Thuý Lan.
– Đồng chí Nguyễn Văn Ba.
– Đồng chí Phạm Minh Đức.
– Đồng chí Hà Duy Dương.
– Đồng chí Ngô Toàn Thắng.
* Phó Giám đốc chuyên môn:
– Đồng chí Bùi Thị Ngọc Ánh.
– Đồng chí Nguyễn Văn Ba.
– Đồng chí Chu Xuân Anh.
– Đồng chí Nguyễn Liên Hương.
– Đồng chí Tạ Duy Dũng.
– Đồng chí Vũ Hà Nga Sơn.
– Đồng chí Nguyễn Quốc Khánh.
– Đồng chí Ngô Toàn Thắng.
– Đồng chí Nguyễn Thị Duyên.
* Phó Giám đốc Quân sự – Hậu cần:
– Đồng chí Nguyễn Tiến Dũng.
– Đồng chí Trần Văn Hưng.
– Đồng chí Nguyễn Khả Khuyến.